
"Она остановилась не в очень хорошей гостинице. " - этот вариант я отмел, т.к. это было бы "she is staying not in a very good hotel / in not very good hotel"
Можно было бы сказать "она не остановилась в очень хорошей гостинице", но мне кажется это почти не имеет смысла.