I was picking up little injuries and niggles that were taking their toll on my body.
В этот период я начал испытывать проблемы. I was picking up little injuries and niggles that were taking their toll on my body.
.
Я получал незначительные повреждения и испытывал легкий дискомфорт, что оказывало своё отрицательное воздействие на моё физическое состояние.
я получал небольшие травмы и (другие) незначительные повреждения, что постепенно отрицательно сказывалось на моем здоровье/физическом состоянии в целом
I've had a knee niggle for the past few days.
Последние несколько дней меня беспокоит колено.