Elena Bogomolovaдобавил комментарий 7 years ago
What do you not understand? - тоже правильно, но это имеет очень формальное употребление, лучше разг.вариант What don't you understand?
Whаt you don't understand - можно употребить в утвердительном предложении, а в вопросе это будет неправильно.