Although this interpretation might be correct, we want to warn against putting one measure against the other.
Хотя эта расшифровка и может быть правильной , мы хотим предостеречь использовать один критерий вместо другого.
Тоже меня смущает мой перевод.
В примере
Хотя эта расшифровка и может быть правильной , мы хотим предостеречь использовать один критерий вместо другого.
Хотя (не смотря на то, что) данная расшифровка (или трактовка, вам виднее из контекста) может являться верной, мы хотели бы предостеречь против использования одного критерия вместо другого.
А здесь я думаю надо перевести так (основываясь уже и на вашем варианте) "Конечно, данная трактовка может оказаться правильной, но мы хотели бы предостеречь против использования одного критерия вместо другого."