Андрей, не даром же Past Perfect еще называется "предпрошедшим временем"- эта форма описывает действие, предшествовавшее по времени другому, более рашшнему действию в прошлом. Вот и посмотрите, какие события в Вашем тексте были самыми давними, они и будут передаваться в "предпрошедшем", в Past Perfect.
Это как в самом популярном примере: Я прочитал книгу до того, как увидел фильм. - I have already read the book before I saw the film.(1st - reading the book, 2nd - watching the film)
А запятой в последнем предложении нет, потому что в англ.яз. пунктуация проще, и , если и так понятно все про разные действия и разные действующие лица, то к чему утруждаться знаками препинания - они вообще редко ставятся в сложноподчиненных англ. предллжениях (почитайте правила)
Удачи :))
