Später kehrte Gmelin über Irkutsk,Tomsk,Werchoturje sowie Weliki Ustug und Schlüsselburg nach St. Petersburg zurück. Man brachte einen Großteil der Aufzeichnen und Sammlungen mit. Mit der zehnjährigen Expedition legte er die Grundlage für das Werk "Flora sibirica sive Historia plantarum sibirae".