Тут уже получается вопрос "кто убил?" А мне нужно именно "кем были убиты?" То есть "by whom where whales killed?" Мне уже подсказали)

Лучше "Whom were thousands of whales killed by?"

Можно и в пассив да

А если в активе, то Who killed thousands of whales?

Вообщем да, или have killed, разве нет?

Уж если в Perfect, то has killed, но здесь акцент не на результат, это не только что произошло, а на том, кто же это сделал в прошлом

Я думаю что если who в значении plural то можно have...Как those man have killed the whales....Поэтому Who have killed

those men...

насчет Who has или have - засомневалась, нужно перепроверить